凝胶过滤是通过蛋白分子量大小不同来分离不同的蛋白质，有三个峰值说明溶液中含有多种分子量不同的蛋白质。即使只有一种蛋白质，但是因为结构的问题，部分形成了多聚体，部分依然以单体的形式存在时，也会出现多个不同的峰值。另外，核酸、色素等非蛋白物质也有可能在检测器上出现峰值。
