有好几年没做实验了，不过我对1楼的回答有些疑问，现在有能做23000bp这么长的PCR？似乎我印象中PCR要这么长的长度本身就能很难能全长扩增吧。
那么如果我的军得理解没错的话，楼主是不是直接从土壤的细菌里头直接度结把并酸染察肉用市提取DNA。（呵呵，我也忘了细练菌DNA大概多长），跑了一次电泳，然后把目的片断割下来，再纯化，再跑电泳，发现纯化之后的片断比目的片断小了。
检测回收率，你可以在DNA溶解液过柱之后，柱子洗脱之前在柱子上加试剂盒溶解液，吹打几次吸取一些溶液A，同时吸取一些离心下来的溶液B唱节务走步，再将过柱后的洗脱液C，以及未过柱前的溶液D（如果浓度太低，可相应浓缩）肆个溶液再上一次凝胶电泳，一切都将看得明明白白，究竟你在过柱的这个过程中，DNA到底留在了什么地方。
我相信有这个电泳图的话，应该可以很容易理解问题所在了。当然问题有可能象1育抗蒸煤花楼所说的那样，天根的产品包加劳包不过关（或者是你自己没有选对），那就换柱子！
