非编码RNA（ncRNA）一词通常用于指不编码蛋白质的RNA，但这并不意味着这种RNA不包含信息也没有功能。有两种类型的ncRNA按其长度分类：小ncRNA和长ncRNA（lncRNAs）。小的ncRNAs包括核糖体RNA（rRNA）、转移RNA（tRNA）、microRNA（miRNA）和piwi-interacting RNA（piRNA），其核苷酸少于50个，但却是基因表达的重要调节器。除了rRNA和tRNA作为蛋白质的翻译调节器外，miRNA能够通过一个称为RNA干扰的过程介导互补mRNA的转录后基因沉默。与小的ncRNA相比，lncRNA片段具有较长的序列，通常超过200个核苷酸。具有与miRNA类似的功能，lncRNAs调节基因表达，如蛋白质翻译和转录后沉默。此外，lncRNA通过组蛋白修饰或破坏miRNA的调节来抑制顺式和反式基因的翻译。CircRNA也是ncRNA的一种，其结构与线性mRNA不同，circRNA的类型很多，功能也很复杂，目前还没有得到充分研究。
