参与自噬体形成的Atg蛋白由几个功能单元组成： Atg1激酶及其调节器、PI3K复合体、Atg9、Atg2-Atg18复合体和两个泛素类结合系统。尽管大多数Atg蛋白似乎主要参与自噬，但它们中的一些已被证明具有非自噬功能。
Atg1/Unc-51样激酶（ULK）是Atg相关蛋白中唯一的蛋白激酶。酵母Atg1复合体的主要亚单位包括Atg1、Atg11、Atg13、Atg17、Atg29和Atg31。尽管Atg11对典型的自噬不是必不可少的，但它对细胞质到液泡的定位（Cvt）途径（酵母中与自噬有关的构成性运输系统，传递一些液泡酶）是必需的，并与Atg17形成一个支架。Atg17、Atg29和Atg31形成一个稳定的蛋白复合物，不受营养条件的影响，Atg1和Atg13在自噬诱导的条件下被纳入Atg17-Atg29-Atg31复合物。Atg13和Atg17的结合对饥饿期间Atg1激酶的激活很重要。在酵母中进行的系统层次分析显示，Atg1复合物是最远的上游单元。
