内在途径也被称为线粒体途径，取决于线粒体释放的凋亡因子。这一途径由细胞压力激活，如生长因子剥夺、细胞骨架破坏、DNA损伤、未折叠蛋白积累、缺氧和许多其他因素。所有这些变化都会影响线粒体内膜（IMM），使线粒体通透性转换孔（MPTP）打开，线粒体跨膜电位丧失，并从膜间空间释放促凋亡蛋白进入细胞膜。线粒体释放的最重要的因素之一是细胞色素c（cyt C），它与（d）ATP和适配器蛋白Apaf1一起，形成激活caspase 9所必需的细胞凋亡体复合物。活跃的caspase 9反过来触发了caspase级联的下游元素。
