代谢途径是由酶介导的生化反应，导致细胞或组织内天然产物小分子的生物合成（合成代谢）或分解（分解代谢）。在每个途径中，酶催化底物转化为结构相似的产品。新陈代谢过程通常转化小分子，但也包括大分子过程，如DNA修复和复制，以及蛋白质的合成和降解。新陈代谢维持着细胞和生物体的生存状态。蛋白酶在整个生物体内被用于各种代谢过程。蛋白酶控制着对生命至关重要的各种生理过程，包括免疫反应、细胞周期、细胞死亡、伤口愈合、食物消化以及蛋白质和细胞器回收。根据蛋白酶活性部位关键氨基酸的类型和肽键的裂解机制，蛋白酶可分为六类：半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、谷氨酸、天冬氨酸蛋白酶，以及基质金属蛋白酶。蛋白酶不仅可以激活蛋白质，如细胞因子，或使其失活，如细胞凋亡过程中的许多修复蛋白，还可以暴露隐蔽部位，如淀粉样前体蛋白加工过程中的β-分泌酶，脱落各种跨膜蛋白，如金属蛋白酶和半胱氨酸蛋白酶，或将受体激动剂转换成拮抗剂，反之亦然，如金属蛋白酶、二肽基肽酶IV和一些猫蛋白酶进行的趋化因子转换。除了催化结构域外，大量的蛋白酶还含有许多额外的结构域或模块，大大增加了其功能的复杂性。已发现代谢活动的失衡在许多病症中至关重要，如心血管疾病、炎症、癌症和神经退行性疾病。