Gli蛋白是Hedgehog（Hh）信号的作用者，已被证明在胚胎发育过程中参与了许多细胞类型和大多数器官的细胞命运决定、增殖和模式化。Gli转录因子通过与Gli反应基因的结合以及与转录复合物的相互作用来激活/抑制转录。Gli转录因子有DNA结合的锌指结构，与它们的目标基因上的共识序列结合以启动或抑制转录。研究表明，突变Gli的锌指结构域会抑制蛋白质的作用，证明其作为转录因子的作用。Gli蛋白有一个18个氨基酸的区域，与α螺旋状的单纯疱疹病毒蛋白16激活域高度相似。