HIV整合酶(HIV Integrase )是HIV的pol基因的三个关键酶之一。HIV整合酶催化将逆转录过程中产生的病毒DNA插入被感染的人类细胞的基因组中。病毒生命周期的这一独特步骤提供了各种干预点，因此是开发治疗艾滋病的新疗法的一个有吸引力的目标。HIV整合酶包括HIV-1和HIV-2整合酶。HIV-1整合酶是一种32kDa的酶，在两步反应中进行DNA整合。在第一步，称为3′处理，从反转录制成的病毒DNA的每个3′端去除两个核苷酸。在下一步，称为DNA链转移，一对酯化反应将病毒DNA的末端整合到宿主基因组中。整合酶由三个结构和功能不同的结构域组成，整合反应的每个步骤都需要这三个结构域。