自噬是溶酶体中一个保守的细胞降解和循环过程。在哺乳动物细胞中，有三种主要的自噬类型：微自噬、宏自噬和伴侣介导的自噬（CMA）。微观自噬通过溶酶体膜的内陷或突起直接捕获货物，CMA使用伴侣素来识别货物蛋白，然后将其展开并转移到溶酶体中，而宏观自噬则通过自噬体--双膜囊泡的新合成--来封存货物，随后将其运送到溶酶体中。宏观自噬是研究得最好的，它在低水平上构成性地发生，也可以在压力条件下进一步诱导，如营养或能量饥饿，其突出特点是自噬蛋白降解。应激诱导的巨噬在蛋白质分解中与另一个关键的蛋白质降解途径--泛素-蛋白酶体系统（UPS）发挥着重要作用。随着研究的深入，自噬在基础的、营养丰富的条件下获得了它的重要性，现在被认为是不同细胞成分分解代谢中的一个关键的内务途径，如蛋白质聚集（aggrephagy）、脂滴（lipophagy）、铁复合物（Ferritinophagy）和碳水化合物。除了大分子，自噬还可以针对一些细胞器和结构，如线粒体（mitophagy）、过氧化物酶体（pexophagy）、内质网（reticulophagy或ER-phagy）、核糖体（ribophagy）、精子受精后继承的细胞器（allophagy）、胰腺细胞内分泌颗粒（zymophagy）和细胞内病原体（xenophagy）。自噬及其功能障碍与各种人类病症有关，包括衰老、癌症、神经退行性疾病、心脏病和代谢性疾病，如糖尿病。大量的药物和天然产品通过多种信号通路参与自噬调节。能够调节自噬的小分子似乎在动物模型或临床课程中对此类疾病有很大的干预潜力。