相似性：序列间相似性的量度。
同源性：两条序列有一个共同的进化祖先，那么它们是同源的。
同源性是序列同源或者不同源的一种论断，而相似性或者一致性是一个序列相关的量化，是两个不同的概念。
PAM矩阵模块负值大小与序列相似性的关系是负向还是正向？pam值越大，则相似性越低，关系为负向.
生物信息学能解决什么问题？即研究对象和应用对象。
生物信息学：运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。
DNA序列，CDNA序列，NCDNA序列，RNA序列，蛋白质序列等等各种。
什么是blast？简述其应用。blast：基于数据相似性的数据库搜索程序.应用：1.确定直系同源序列或旁系同源序列。2.确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。3.确定一个DNA或者蛋白质序列身份。4.发现新基因。
什么是分子进化树？常用的建树方法有哪些？举例常用的建树软件。
进化树又名系统树进化树，用来表示物种间亲缘关系远近的树状结构图在进化树中，各个分类单元(物种)依据进化关系的远近，被安放在树状图表上的不同位置。根据蛋白质的序列或者结构差异关系可以构建分子进化树或者种系进化树，
常用的软件：MEGA、PHYL JIP、PAUP、PHYML、PAML、Tree-puzzle、MrBayes
什么是NGS？自己查阅相关资料，简述二代测序和三代测序的基本原理。
我的答案：
NGS:下一代测序技术。以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。第二代测序：Illumina/Solexa Genome Analyzer测序的基本原理是边合成边测序。在Sanger等测序方法的基础上，通过技术创新，用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光，根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，从而获得待测DNA的序列信息。第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营：第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Helicos)的SMS技术和美国太平洋生物(Pacific Bioscience)的SMRT技术。脱氧核苷酸用荧光标记，显微镜可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活性，并且在荧光被切除之后，合成的DNA链和天然的DNA链完全一样。第二大阵营为纳米孔测序，代表性的公司为英国牛津纳米孔公司。新型纳米孔测序法（nanopore sequencing）是采用电泳技术，借助电泳驱动单个分子逐一通过纳米孔 来实现测序的。由于纳米孔的直径非常细小，仅允许单个核酸聚合物通过，而ATCG单个碱基的带电性质不一样，通过电信号的差异就能检测出通过的碱基类别，从而实现测序。
ProtParam可以进行蛋白质基本的物理化学参数的计算。ProtScale可以进行氨基酸亲/疏水性的分析。TMpred可用于对蛋白质跨膜区预测、定位，该方法基于统计学结果，通过权重矩阵打分进行预测分析。SignalP可以预测多种生物体（包括革兰氏阳性原核生物、革兰氏阴性原核生物及真核生物）的氨基酸序列信号肽剪切位点的出现和定位。COILS：预测卷曲螺旋的在线工具。PROSITE ；通过对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到区别于其他蛋白质家族的保守性序列模式。InterProScan：蛋白质结构域和功能位点的集成数据库，它将SWISS-PROT、TrEMBL、PROTSITE、PRINTS、PFAM、ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域、基序等信息统一起来，提供了较为全面的分析数据。blastp：进行蛋白质序列同源性分析
我的答案：
分为4类。①只考虑单个氨基酸形成不同二级结构的倾向，并预测蛋白质二级结构②基于氨基酸片段(通常11－21个残基长度)，考虑中心残基形成不同二级结构的倾向，并预测蛋白质二级结构③在基于氨基酸片段预测的基础上，结合了蛋白质序列的进化信息及长程作用信息等④将几种预测方法综合进行预测
什么是复杂疾病？其具有哪些遗传特性？
复杂疾病:绝大多数疾病的发生与遗传、环境、生活方式和年龄等多种因素有关，因而被称为复杂疾病。遗传特性：1.在家系中的传递不符合孟德尔规律，而且疾病基因型与表型之间存在多因素致病、多基因多层次调控以及临床表型复杂等特征。 2.复杂疾病的遗传易感性不一定是对疾病表型本身的直接影响，而可能是通过影响疾病的中间性状的间接后果。这些基因之间没有显性和隐性的区别，而是共显性；但是每个基因对表型只用较小或微小的影响，只用若干个基因共同作用，才可对表型产生明显影响。
