一、两者的原理不同：
1、外源性抗原的原理：此类抗原在被溶酶体降解成短肽后，通过MHCⅡ类分子提呈给CD4+T细胞识别，诱导CD4+T细胞参与的免疫应答。经专职APC摄取，加工，处理，提呈的外源蛋白质均属于此类，抗原识别受MHCⅡ类分子限制。
2、内源性抗原的原理：内源性抗原肽首先与胞质一侧TAP结合，在ATP作用下，孔道的胞质侧开放，内源性抗原肽穿越孔道进入内质网腔。TAP选择性转运8一12肽，这种长度正是MHCI类分子抗原结合槽所能容纳的最适长度。
TAP对这些肽末端残基的性质有一定的要求，即优势选择C端为碱性、极性或疏水性残基的肽段，而这些残基也是与I类分子结合肽的锚着残基。
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