黄酮类化合物的颜色与分子中是否有交叉共轭体系及助色团(—OH、—OCH3等)的种类、数目、取代位置有关。以黄酮为例来说,其色原酮部分原本是无色的,但在2-位上引入苯环后,即形成了交叉共轭体系,使共轭链延长,因而显现出颜色。