常规基因检测好，还是肠道菌群基因检测好？

没有可比性。
虽然都有基因检测四个相同的字，但检测的范围和目的完全不同。
所以，所能起到的作用完全不同，是不可以相互替代的。
所以不可以说哪个好，或哪个可以代替哪一个。