枯草芽孢杆菌在农业上的作用是增加作物抗逆性、固氮，而地衣芽孢杆菌在农业上的作用是抗病、杀灭有害菌。
2、生长情况不同
枯草芽孢杆菌生长的比较快，培养的时间要短一些，而枯草芽孢杆菌要生长得慢些，培养的时间要长一些，它们有很大的不同。
3、产生的酶不同
枯草芽孢杆菌产生的淀粉酶和纤维素酶多点，而地衣芽孢杆菌产生的蛋白酶多些。
4、抑制作用不同
枯草芽孢杆菌的菌体在生长过程中会产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的抑制作用。而地衣芽孢杆菌可以产生多种抗菌物质，对一些植物病原菌有较好的抑制作用，区分起来是比较明显的。
