合成的寡核苷酸链为什么退火后是高级结构?
在构建用于RNA干扰的质粒实验中,合成的2个互补的寡核苷酸链长度是64bp,退火是90摄氏度3分钟 ,37摄氏度1小时,将退火后形成的双链连接到载体上扩增,最后送去测序,结果为高级结构。 请问我的错误可能出在哪里,应该如何改进?
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回答者:网友
1 首先确定你的测序片段是否会产生高级结构。
2 在测序时候请注明是RNAi载体,可能会出现二级结构,测序公司一般会改变测序策略来解决产生二级结构的问题。
3 看看你的片段和载体是否有反相互补结构。
4 变性后的退火要缓慢退火,降温不能过快,否则会产生意想不到的结构。