三氯乙酸/丙酮沉淀法提取蛋白时，在离心后就把上清液扔了，上清液里面没有溶解了的蛋白质吗？

蛋白都沉淀了 三氯乙酸是强酸，丙酮也能沉淀蛋白。二者一起作用，绝大多数蛋白都会沉淀出来。当然，也可能有某种特殊蛋白没有沉淀，但只要不是你要的就行。其实，没有什么万能的方法可以提取所有蛋白。