杀菌剂对哺乳动物的急性毒性（acutetoxicity）较低。列入三个高毒类别的杀菌剂（大鼠LD501～50，50～100和100～1000mg/kg）大多数是传统的杀菌剂，如铜剂和锡衍生物等。大多数的现代选择性杀菌剂的LD50大于1000/kg，甚至大于10000mg/kg。所以，大多数杀菌剂的可接受每日摄入量（acceptabledailyIntake，ADI）都比较高。因此，杀菌剂残留（residue）对人体健康的威胁远远低于其他农药，这是杀菌剂发展的显著成就之一。人们关注的焦点从杀菌剂急性毒性转移到其慢性毒性（chronictoxicity），如致癌（carcinogenicity）、致畸（teratogenicity）和致突变（mutagenicity），以及环境污染等问题。新的杀菌剂登记要求进行广泛的慢性毒性试验。过去在传统杀菌剂进行登记的时候，这些试验还没有要求。但是，在过去的几十年间，很多国家都强制性的要求进行杀菌剂毒理学（toxicology）的复评。虽然不同的权威登记机构的数据不同，一些杀菌剂产品在复评中失去了登记资格。比较著名的是含汞化合物和敌菌丹（captafol）。1996年美国环保局（EnvironmentalProtectionAgency，U.S.A.）的B2致癌物质名单包括了4种在植物病害治理中非常重要的杀菌剂：百菌清（chlorothalonil）、克菌丹（captan）、代森锰（maneb）和代森锰锌（mancozeb）。
杀菌剂是否能够达到环境标准是比较难以确定的。因为环境标准本身也是经常被复评，而且不同国家的环境标准不同。根据荷兰的最新环境标准，如果达不到下列标准，农药使用将不予登记：①使用导致离地面2m深的地下水的杀菌剂浓度大于0.1μg/L。②使用导致地面水浓度高于对鱼、藻菌和小龙虾的LC50S值的0.1。③化合物的半衰期（50%degradationtime，DT50）长于60d。
根据这个新的半衰期标准，一些内吸剂将被淘汰。如果重新登记，一些新的唑类和吗啉类杀菌剂也将受到影响。显然，未来对内吸杀菌剂的研究应当集中在较低持久性和较低环境迁移性（mobility）化合物的开发。
一些杀菌剂会减少作物叶围腐生微生物群体的数量。如果杀菌剂减少了这些群体的数量（如酵母菌），但是，对次要病原物（minorpathogens）没有影响或者影响较小的话，当杀菌剂不断被使用时，这些次要病原物在不良环境下的侵染会增加。比如，叶围酵母菌与小麦叶斑病（Septorianodorum）。此外，酵母菌的减少，还可能影响葡萄汁的发酵。如在使用多作用位点杀菌剂（如克菌丹、苯氟磺胺和福美双）来防治葡萄灰霉病（Botrytiscinerea）时，就观察到这种结果，因此，这些杀菌剂不能在葡萄收获前使用。
杀菌剂也可以影响病原物与土壤微生物群落之间的相互颉颃作用。很多内吸剂减少一些常见土壤真菌，如青霉菌（Penicilliumspp.）和木霉菌（Trichodermaspp.）等，对病原菌的营养竞争作用，因此，提高了病原菌对这些杀菌剂的不敏感性。这种影响也可能由于抗生作用（antibiosis）或寄生作用（parasitism）的减少导致的。病原菌敏感性的差异有时候也会导致占优势病原菌（dominantpathogen）的改变，从而导致主要病害和次要病害的变化。如使用苯并咪唑杀菌剂防治小麦眼斑病（Pseudocercosporellaherpotrichoides）会导致小麦纹枯病（Rhizoctoniasolani）发病率的大幅上升。
