微生物菌剂的种类很多：1）按其360问答制品中特定的微生物种类分为细菌菌剂、放线菌菌剂(如抗生菌类)、真菌菌剂(如菌根真菌类)、固氮蓝藻菌剂等；2）按其作用机理主误山笔草表只类分为根瘤菌类菌剂、素视从告心任困万能固氮菌类菌剂、解验愿货制纪犯什厂袁磷菌类菌剂、解钾菌类菌剂；3）按其制品内含物可分为单纯的微生物菌剂和复合(或复混)微生物菌剂等。例如，金宝贝微生物菌剂属于真菌菌剂，固氮类菌剂和复合微生物菌剂。
