溶酶体的主要作用消树逐请宁承克制际他厂求化作用，是细胞内的消化器官，细胞自溶，防御以及对某些物质的利用均与溶酶体的消化作用有关。
细胞内消化：对高等动物而言细胞的营养物质主要来源于血液中的水分子物质，而一些大分子物质通过内吞作用进入细胞，如内吞低密脂蛋白获得胆固醇，对一些单细胞真核生物，溶酶体的消化作用就更为重要了。
细胞凋亡：个体发生过程中往往涉及组织或器官的改造或重建，如昆虫和蛙类的变态发育等等。这一过程是在基因控制下实现的，称为程序性细胞死亡，注定要消除的细胞以出芽的形式形成凋亡小体，被巨噬细胞吞噬并消化。
自体吞噬：清除细胞中无用的来自生物大分子，衰老的细胞器等，如许多生物大分子的半衰伤斯皇期只有几小时至几天，肝细胞中线粒体的平均寿命画规效圆体晚快鲁思酒翻约10天左右。
防御作用：如巨噬细胞可吞入病原体，在溶酶体牛各治象家布直守权决中将病原体杀死和降解。
参与分泌过程的调节，如将甲状腺球蛋白降解成有活性的甲状腺素。
形成精子的顶体：顶体相当于一个化学钻，可溶穿卵子的皮层，使精子进入卵饭速加今么子。
