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革兰氏阴性细菌细胞壁的肽聚糖结构可以E.coli为代表。它的肽聚糖含量占细胞壁的10%弱,一般由1~2层网状分子构成,在细胞壁上的厚度仅为2~3nm。其结构单体与革兰氏阳性细菌基本相同,差别仅在于:①肽尾的第3个氨基酸为内消旋二氨基庚二酸(m-DAP);②没有特殊的肽桥,其前后两个单体间的联系仅由甲肽尾的第4个氨基酸——D-丙氨酸的羧基与乙肽尾第3氨基酸——m-二氨基庚二酸的氨基直接连接而成。 革兰氏阳性细菌肽聚糖(Peptidoglycan)的结构可用最典型的Staphylococcusaureus(金黄色葡萄球菌)为代表。它的肽聚糖层厚约20~80nm,由40层左右网状分子所组成。网状的肽聚糖大分子实际上是由大量小分子单体聚合而成的。每一肽聚糖单体含有三个组成部分:①双糖单位,即由一个N-乙酰葡糖胺与一个N-乙酰胞壁酸分子通过β-1,4-糖苷键连接而成;②短肽“尾”,即由四个氨基酸连起来的短肽连接在N-乙酰胞壁酸分子上。这四个氨基酸是按L型与D型交替排列的方式连接而成的,即L-丙氨酸→D-谷氨酸→L-赖氨酸→D-丙氨酸;③肽“桥”,在S.aureus情况下为甘氨酸五肽。这一肽“桥”的氨基端与前一肽聚糖单体肽“尾”中的第4氨基酸——D-丙氨酸的羧基相连接,而它的羧基端则与后一肽聚糖单体肽“尾”中的第3个氨基酸——碱性氨基酸L-赖氨酸的氨基相连接,从而使前后两个肽聚糖单体交联起来。