小动物活体成像主要采用生物发光（bioluminescence）与荧光（fluorescence）两种技术。生物发光是用荧光素酶（Lucif来自erase）基因标记细胞或DNA，而荧光技术则采用荧光报告基团（GFP、RFP，Cyt及dyes等）进行标记。
小动物活体成像技术是采用高灵敏度制冷CCD配合特制的成像暗箱和图像处理软件，使得可以直接监控活体生物体内的细胞活动和基因行为。
在拥有激发光多光谱分析功能的活体成像系统出现以前，科学家们被迫采取各种方法来民太雨基呼起完请减少动物自发荧光，比如：采用无荧光素鼠粮饲养小鼠、使用裸鼠等。
小动物活体荧光成像的组织放置的时间取决于多种因素，例如荧光探针和小动物汽留吧品种等。一般来说，该技术允许研究人员对小鼠等小动物进行荧光活体成像研究约为1个小时，但是有时这种活体成像甚至可以持续几天。
