一、五糖核心不同
1、糖蛋白糖链N连接型：N-连接的寡糖链（N-糖链）都含有一个共同的结构花式称核心五糖食活夜或三甘露糖基核心。
2、糖蛋白糖链O连接型：没有五糖核心。如人血纤维蛋白溶酶原；人免疫球蛋白IgA。
二、特点不同
1、糖蛋白糖链N连接型：O连接形式比N-糖链的多。
2、糖蛋白糖链O连接型：O-糖链的结构比N-糖链简单。
三、分类不同
1、糖蛋白糖链N连接型：N-糖链可分为复杂型、高甘露糖型和杂合型三类，它们的区别主要在外周链。
2、糖蛋白糖链O连接型：糖蛋白糖链O连接型主要为O-糖苷键型。
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