首先DNA分子的结构中有两种主要的化学键，一个是脱氧核糖和磷酸之间的磷酸二酯键，这是构成DNA分子的主干。另一个是碱基对之间的氢键，这是构成DNA分子的侧支。限制酶可以将DNA分子切割成不同的DNA片段说明限制酶切割的是DNA分子的主层到范印受洋支年沉存干，也就是磷酸二酯键。但是限制酶在作用时是首先要识别特定的碱基序列然后在特定的位点上切割，也就是说限制酶作用时是使得特定位点的磷酸二酯键断活军笔又没核唱件带裂，被水解。
至于能量，酶是催化剂，其作用是降低化学反应的活化能。但化学反应的实质是原有化学键的断裂和新化学键的生成，所以肯定也是需要提供能量才能达到活化的状态
