蛋白酶广泛存在于动物内脏的消化道、植物茎叶、果实和微生物中。在植物和微生物中含量非常丰富,可以说是取之不尽用之不竭。主要由霉菌、细菌,其次由酵母、放线菌生产。由于动植物资源有限,工业上生产蛋白酶制剂主要利用枯草杆菌、栖土曲霉等微生物发酵制备。