酵母人工染色体（yeast：artificial：chromosome，YAC）是早期构建的人工染色体克隆载体，将含有酵母染色体的DNA端粒（telomeric：repeat，TEL）、DNA复制起点（autonomously：replication：sequences，ARS）和着丝粒（centromere，CEN）以及必要的选择标记（HISA4和TRPl）基因和多克隆位点（MCS）的DNA片段克隆到pBR322中，构建成YAC载体。
使用YAC载体时，首先用emphasis：role=italicEcoemphasisR：I和emphasis：role=italicBamemphasisH：I双酶酶切，获得均具emphasis：role=italicBamemphasis：HI和emphasis：role=italicEcoemphasisRI酶切末端的两个DNA片段（双臂），随后与两端具emphasis：role=italicEcoemphasisRI酶切末端的外源DNA连接，构成酵母人工染色体。用电激仪把此人工染色体转化人酵母受体细胞。YAC载体主要是用来构建大片段DNA文库，特别用来构建高等真核生物的基因组文库，并不用作常规的基因克隆。link：xlinkhref=i011301图4-13link、4-14描绘了YAC载体的结构和操作的工作流程。对于emphasis：role=italicBamemphasisHI切割后形成的微型酵母染色体，与外源大片段DNA在该切点相连就形成一个大型人工酵母染色体，通过转化进入到酵母菌后可像染色体一样复制，并随细胞分裂分配到子细胞中去，达到克隆大片段DNA的目的。装载了外源DNA片段的重组子导致插入失活，从而形成红色菌落；而载体自身连接后转入到酵母细胞后形成白色菌落。
这些红色的装载了不同外源DNA片段的重组酵母菌菌落的群体就构成了YAC文库。YAC文库装载的DNA片段的大小一般可达200500kb，有的可达12Mb，由于高等真核生物的基因大多数是多外显子结构并且有长的内含子，大型基因组片段可通过YAC载体转移到动物或动物细胞系中，因而在功能基因和基因组研究中，YAC载体是一个非常有用的进行功能研究的工具。
虽然YAC载体功能强大，但有一些弊端。这主要表现在三个方面：首先，在YAC载体插入的片段会出现缺失（deletion）和基因重排（rearrangement）的现象；其次，容易形成嵌合体，嵌合就是在单个YAC中的插入片段由2个或多个的独立基因组片段连接组成，这种嵌合克隆约占总克隆的5%50%；最后，YAC染色体与宿主细胞的染色体大小相近，影响了YAC载体的广泛应用。
