大的质粒（大于15kb）不会很好转化而且DNA产量通常很低。在设计实验时要考虑到加入插新交各入片段的最终载体大小，尽量用更小的载体。
兼容性
当多于一个质粒载体必阿门未率发怕程而须同时存在于同一个细菌细胞否三中，这两个质粒的复制子必须是兼容的。当他们不行能稳定地共存时，则认为这两个质粒是不兼容的。
选择/检测插入片段：
为了鉴别质粒中是否含有插入片段，对一些载体进行了工程改造基盟限诗切，这样产生的多位点作府未问接头的分离会引起可见的表型。例如：lacZ基因的应用（多位点接头的分离会引用白细胞的生长而抑制蓝细胞的生长，如pU19）和cccdB基因（调控细胞死亡）的应用（分离会促进细胞存活）。
参考资料：。
