分子信标技术由Tyagi和Krammer提出，分子信标长约25个核苷酸研，在空间结构上呈发夹型，由环茎杆组成.环部序列与靶DNA序列互补，长约18-20个核苷酸，茎杆部分长约5-7个核苷酸，由GC含量较高的与靶来自序列无关的互补序列构成，分子信标的5’端标记报告基团，3’端标记淬灭基团。当分子信标处于自由状态时，发夹结构的两个末端靠近使F与Q靠近，F被淬灭；当有靶序列存在初计孩普拉时，分子信标与靶序列结合，使分子信标的茎杆区被拉开，此时R荧光不能被淬灭，可检测到荧光信号，常用的荧光-淬灭分子对有Fam-DABCYL、Hex-DABCYL、TET-DABCYL、TAMRA-DABCYL、TexasRed-DABYCL等.
