如果你手上有比较大量的纯度比较高的蛋白质的话。可以尝试用以下比较直接的方法：
1. isothermal titration calorimetry （ITC），直接测定两个蛋白互相作用的Kd值。
2. AUC，也就是超速离心分析。可以直接测定两个蛋白相互作用与否。
3.SAXS, 也就是X-ray小角散乱。不过技术难度比较大一些。
4. 溶液NMR，这个应该可以但不太了解。
5. 结晶再解构，这个不用解释了。比较究极一点。
6.cryo-EM，同上。比较究级的方法。
7. 最简单常用的，gel-filtration，观察有没有oligomer的分子量峰出现。但是相互作用弱的话很难观测到。
8.更简单常用的nativePAGE，同上，相互作用弱则很难观测到。
9.用氨基架桥试剂共价连接，然后SDS-PAGE。看看有没有oligomer的带。暂时想到这些，跨度比较大。
