一、结构上不同
脱氧核糖核苷三磷酸在结构上比脱氧核糖核苷酸多了三个磷酸基团，多两个高能磷酸键。
二、二者的成分组成不同
1、脱氧核糖核苷三磷酸：主要包括腺嘌呤脱氧核糖核苷三磷酸（ATP），鸟嘌呤脱氧核糖核苷三磷酸（GTP），胞嘧啶脱氧核糖核苷三磷酸（CTP），胸腺嘧啶脱氧核糖核苷三磷酸（TTP)。
2、脱氧核糖核苷酸：包括腺嘌呤脱氧核糖核苷AMP，鸟嘌呤脱氧核糖核苷GMP，胞嘧啶脱氧核糖核苷CMP，胸腺嘧啶脱氧核糖核苷TMP。
三、二者性质不同
脱氧核糖核苷三磷酸因含有高能磷酸键 ，故能带有能量(且释放量大,不能长期储存)；脱氧核糖核苷酸为DNA的基本单位(1分子脱氧核糖核苷酸+1分子五碳糖+1分子碱基)。
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