常用的寡核苷酸探针有3种：①特定序列的单一寡核苷酸探针；②较短的简并性较高的成套寡核苷酸探针；③较长而简并性较低的成套寡核苷酸探针。多用32P标记寡核苷酸探针，如：1）通过T4噬菌体多核苷酸激酶催化的磷酸化反应标记合成的寡核苷酸探针，在合成寡核苷酸时期5’端缺少一个磷酸基，因而易用T4噬菌体多核苷酸激酶进行磷酸化反应，而将α-32P从[γ-32P]ATP转移至其5’端。这种磷酸化反应最多能使每一寡核苷酸分子中掺入一个32P原子。2）用大肠杆菌DNA聚合酶i Klenow片段标记合成的寡核苷酸探针，其比活性更高，每一寡核苷酸分子可带有若干个放射性原子，放射性比活度可高达2×1010计数/（min·mg） 。