对人畜低毒。大鼠急性经口LD50（即Lethal Dose, 50' 半数致死量）为1780毫克/公斤，对兔急性经皮LD50为7000 毫克/公斤，对大鼠慢性毒性经口无作用剂量为1000毫克/公斤。然而，应该意识到，LD50值没有告诉我们长期暴露的风险，包括分子引起癌症的性能以及影响未出生胎儿发育的性能。尽管暴露于莠去津能引起人类和其他动物种类的健康风险，美国环境保护局(Environmental Protection Agency,EPA)认为增加食物产量的利益超过可能存在的健康风险，不乐意禁止它的应用。但在欧洲莠去津已逐渐被淘汰。用木炭过滤器可以除去饮用水中的莠去津，但湖和池塘中的莠去津处理较困难。阿特拉津可引起雄蛙雌化，美国、欧盟和日本均已将其列入内分泌干扰化合物（Endocrine DisruptingChemicals）名单。
