巨大芽孢杆菌为杆状，末端圆，单个或呈短链排列，直径为(1.2 ～1.5)微米×(2～4)微米，能运动。芽孢为(1～1.2)微米×(1.5～2)微米，椭圆形，中生或次端生。它通常为产孢杆菌，且为革兰阳性菌及好氧菌，也为常见的油中腐生菌。 巨大芽孢杆菌可以用来生产解磷固钾肥，巨大芽孢杆菌具有很好的降解土壤中有机磷的功效，是生产生物有机肥的常用菌种，也是制作水体处理剂的常用菌种，将它施用到到烟叶上对提高烟叶发酵增香效果独特。
