大豆子叶颜色（AA表现深绿，Aa表现浅绿，aa为黄化且此表现型的个体在幼苗阶段死亡）受B、b基因影响...

解：A、根据分析可知，亲本的基因型为AABb、AaBb，A正确；

B、F1中子叶深绿（1AABB、2AABb）：子叶浅绿（1AaBB、2AaBb）：子叶黄化（1AAbb、1Aabb）=3：3：2，B正确；

C、控制大豆子叶颜色的两对等位基因分别位于两对同源染色体上，其遗传遵循基因的自由组合定律，C正确；

D、基因型为AaBb的个体自交，子代有9种基因型、3种表现型，即子叶深绿（AABB、AABb）：子叶浅绿（AaBB、AaBb）：子叶黄化（aaBB、aaBb、aabb、AAbb、Aabb），D错误．

故选：D．