1，pH值的影响。楼主在实验中两次用到缓冲液调节pH=5.5，但是在最后显色的一步是在加热的状况下进行的。没有在反应过程中检测pH值的变化，导致颜色不是Ruhemann紫。而茚三酮与氨基酸作用得到的蓝紫色物质是一种铵盐。从结构上看，季铵和还原的酮的氧连在一起，这本来就是个亚稳定结构。季铵盐容易把H+给O得到一个羟基，所以很依赖pH的变化。那么你的溶液不停变化吸光度就能解释了，是由于Ruhemann紫因pH不适不断释放NH3或NH4+的结果。这个情况一般是由于pH值过大引起的。
2，没有反应完全。在进行样品沉降时其实很有可能残留了许多蛋白质和多肽。多肽和蛋白质也能形成这个反应，但是肽越大反应就越不灵敏。所以有可能是第三产物，中间得到的醛可能会影响了这个反应，可能会生成其他带有颜色的副产物干扰紫色的呈现。但是在逐渐反应后，醛由于大基团逐渐分解对反应的影响越来越小，这个干扰也就变小了，实际的紫色浓度自然比原来要弱许多。
以上只是个人推测，没有依据。建议你用其它方法测定，比如用茚三酮作显色剂的纸层析色谱，不仅可以计算总量，还可以初步估计氨基酸种数。
