胶霉毒素和胶绿木霉素都属于ETP类肽（Patron et al.，2007）。胶霉毒素是从木霉中发现并被报道的第一个代谢产物（Brian et al.，1945），也是一种具有抑制真菌活性的代谢产物，该物质的发现时间与黄曲霉毒素的发现时间接近。在人类机会病原菌烟曲霉（Aspergillus fumigatus）中也发现了胶霉毒素基因簇，而胶霉毒素可能是该病原菌的毒性因子（Dagenais et al.，2009）。T.virens的Q型菌株在培养液中培养16h就能产生大量的胶霉毒素（Wilhite et al.，1996）。胶霉毒素因其在土传植物病原真菌生物防治中的作用而受到关注（Howell，2006），然而，也有报道表明，在某些人为控制的培养和环境条件下其发挥的作用与其生防作用相矛盾（Howell et al.，1993）。然而，胶霉毒素具有强烈抗菌活性，其在自然条件下微生物竞争中的作用不能被忽视。有意思的是，胶霉毒素仅由T.virens的Q型菌株产生，而T.virens的P型菌株和Ta都不能产生。
尽管Tr不能产生胶霉毒素，但在其基因组中也存在一个胶霉毒素合成的 NRPS（GliP）基因簇。与A.fumigatus的GliP基因簇相比，Tv中仅包含8个与A.fumigatus基因相似的基因。由于 Tv 基因组中含有的该基因簇的第47条 Scaffold 比较小，仅有约30kb，存在这段序列不完整的可能性，从而可能丢掉该基因簇中的部分基因。而Tr中的GliP基因簇更小，这可能是由缺失造成的，可以解释为什么没有发现Tr产生胶霉毒素。在与R.solani对峙培养时，T.virens中的GliP基因簇会被诱导表达，而T.reesei的GliP基因簇则不会表达。除了GliP基因簇，Tv基因组中还存在一个预测SirP基因簇。在Tv，Ta和Tr基因组中，都存在另外一个SirP类似基因，但是该基因不存在于次级代谢产物基因簇中。SirP基因在植物病原真菌油菜黑胫病菌Leptosphaeria maculans中功能明确，能产生植物毒素sirodesmin PL（Patron et al.，2007）。然而，尚未发现任何木霉菌SirP基因簇在重寄生过程中表达。尽管T.virens的P型菌株不产生胶霉毒素，但它们产生胶绿木霉素。胶绿木霉素是另一类ETP物质，具有强效的抗菌性能（尤其是对卵菌）（Howell et al.，1993）。对T.virens的P型菌株进行全基因组测序有可能解释为什么不产生胶霉毒素而产生胶绿木霉素。
