农杆菌质粒

用PBI121的话应该是一般的双元载体系统。不知道你用的是什么农杆菌菌株，GV3101吗？农杆菌自带一个转染用的Ti质粒，但是我做的时候从没提出来过，Ti质粒应该很大的。
质粒大小不对，有两条带。不知道你做过重复没有。你如果不嫌麻烦可以重转一下农杆菌。也可以先做个酶切，看看酶切结果是不是正确。有的时候在菌里面同一个质粒的构像不一致就会跑出两条带，不过会挨得很近穿轻。酶切之后通常大小和带数就矛商景正确了。琼脂糖电泳就是这样！