可以将序列克隆到体外进行表达，通过基因表达的量来进行判断:
1. 首先将上游序列带启动子序列克隆到一些报告基因的载体中，例如luciferase的基因，首先观察构建后，luciferase是否能够表达。然后再通过突变或截短启动子上游的区域，来观察luciferase的表达强弱，以判断是哪一段，甚至是哪几个碱基对下游基因的转录起到调控的作用。距急测抓调剧抗错用报告基因是比较简单方便的办法。
2. 如果目标基因的产物本身容易检测，也可以直接将上游序列到目标基因全部克隆出来，在体外进行表达。方法同样，是通过突变和缺失来验证功能。
如果缺失或突变该降民穿谁示段序列后，目标基因无法表达，省燃能缩液着古要则说明是相关，如果经过验证后，表达水平没有变化，则说明是无关的序列。
通常，报告基因检参负害高重须七算主工宜测会简单些，因为直接加入底物或者是荧光激发，就可以知道表达水平的变化。在目标基因的验证上，通常会通过RT-qPCR来自查看mRNA水平，WB查看蛋白水平的变化来确认这段序列的功能。