磷酸甘油酸激酶为什么使1,3-二磷酸甘油酸的磷酸基团脱去了，根据酶的特性不应该是加上一分子磷酸吗

这是以逆反应命名的。倒过来看，3-磷酸甘油酸被ATP磷酸化，所以加磷酸甘油酸激酶，而不是二磷酸甘油酸激酶。