利用识别特定蛋白的抗体,捕获与此蛋白相互作用的核酸.特定蛋白多半是能够与核酸结合的,转录因子,调控原件等等,而抗体可以是识别不同修饰的蛋白,例如乙酰化什么的,用于转录调控,表观遗传学研究等等
抗体挂到固相支持物上（磁珠或琼脂糖）,制备亲和纯化柱
对细胞进行甲醛交联,固定蛋白与核酸的结合物
将蛋白核酸复合物抽提出来,再将染色质片段通过超声或酶解,打断成小片段
将此小片段加到制好的亲和纯化柱上孵育
将未结合物质洗去
将目标蛋白核酸复合物洗脱收集
蛋白酶K加热解交联
纯化核酸
根据需要进行qPCR或者是测序,芯片等
