spanD
解：A、由题意知，蛋白质外切酶专门作用于肽链末端的肽键，四十九肽用蛋白外切酶处理会得到49个氨基酸，A正确；
B、分析图题图可知，四十九肽用酶1处理得到短肽A、B、C，比四十九肽的氧原子数少1个，N原子数减少3个，B正确；
C、分析可知，酶1和酶2均作用于肽链内部特定区域，属于蛋白内切酶，C正确；
D、由题意知，蛋白酶2作用于赖氨酸（C6H14N2O2）氨基端的肽键，因此该酶的作用位点是赖氨酸氨基端的肽键，不能作用于羧基端肽键，所以该四十九肽中除了第22、49号位为赖氨酸外，其他位置可能含有赖氨酸，D错误．
故选：D．
