基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。
基因表达谱数据固有噪音很高，当两组数据表达量差别不大时，很容易出现假阴性结果。（常用的表达谱测试方法包括microarray和mRNA-seq，各有利弊，前者前两年很火，后者现在比较流行。具体原理方法、优缺点wiki上介绍的很清楚。）
未考虑基因间相互作用，很难给出合理解释，当对比之后，我发现50个基因不一样，可是除此之外，我无法判断这50个基因有什么样的联系？是什么信号通路让我智商变高了？知其然而不知其所以然。
可重复性差，生物实验一般都要求至少重复三遍，那么第二次实验的时候，很有可能不是50个基因，谁多谁少根本说不清楚。
考虑到这些缺点，2005年提出了基于基因集定义的基因富集分析方法，很多人管单基因分析叫bottom-up，富集分析叫top-down。
