我要做流式.自己表达的抗原蛋白,要通过sulfo-smcc与微球偶联后,用来检测抗体.

你是准备把抗原，smcc和微球一起加进去吗？还是分步进行的？如果抗原这么不稳定，能不能先把smcc和微球连起来，处理好以后，再加入抗原呢？
不知微球上使用的是什么基团？是氨基还是巯基？
如果用的是巯基连接抗原，可能要考虑抗原在还原状态下生物学活性是不是受影响。也就是可能不稳定不是由于抗原本身造成的，而是由于偶联的缓冲体系造成不稳定，或者是偶联过度导致抗原失效。更换一下偶联的比例，例如降低交联剂的用量等。

有更详细的实验信息，才能知道问题出在哪里。