在人体内代谢过程中的主要降解物为苯丙氨酸和天门冬氨酸，对正常人无害，但对于苯丙酮尿症（PKU）患者，因其代谢缺陷，体内过多的苯丙氨酸可影响患者的发育，故对该病化妆要禁用添加阿斯巴甜的食品。而且应用阿斯巴甜的食品须在商标或说明书中加印警语，注明不适用于苯丙酮尿症（PKU）患者。阿斯巴甜在人体内降解过程中还生成甲醇，由此这种甜味剂的安全性曾受到质疑，自20世纪70年代开始，陆续有实验结果指出其动物毒性作用并有个体不良反应报告，如可引起头痛、乏力、性格改变、恶心、呕吐、关节疼痛、视力减退和内分泌失调等表现，也可使某些肿瘤的发病率升高，虽然有些报告，但一些国家的食品安全部门在评价以上资料后认为，阿斯巴甜用作甜味剂是安全的。目前有90多个国家允许使用。
