基因表达谱的获得与表示
在基因芯片的实验中，首先选取来自不同状态的样本，如正常组织与肿瘤组织、不同可发育阶段组织，或用药前后的细胞或组织等。其中一种被称为实验样本，另一种就是相应地被称为参考样本。实验样本和参考样本mRNA在逆转录过程中，分别用不同的红、绿荧光基团标记，并将它们混合，与微阵列上的探针序列进行杂交，经过适当的洗脱步骤后，用激光扫描仪对芯片进行扫描，获得对应于每种荧光的荧前光强度图像，通过专用的图像分析软件，可获得微阵列上每个点的红、绿荧光强度（C响天历花女型油静编胶y5和Cy3），其比值（C笑油程命金式封早y5/Cy3）称为该基因在实验样本中的表达水平。
Step1：基因芯片的制备。在硅胶、玻璃片、聚丙烯或技环喜终精绝脸菜处x龙膜等载体上按特定的排列方式固定大量的探针，形成DNA芯片。芯片种类较多，制备方法也不尽相同，基本上可以分为两大类：原位合成和直接点样法。
Step2：荧来自光标记探针的制备。将待分析于饭氢笑的议的基因探针在芯片杂360问答交之前进行纯化、逆转录或扩增级荧光标记。最普遍的荧差湖光标记法是用Cye3-dUTP(绿色荧光)标记对照样本，Cye5-dUTP(红色荧光)标记实验室样本。
Step3：标记探针与芯片杂交。选择杂交条件，将制备的荧光探针与芯片进行杂交，一定时间以后，洗去决短拉由未结合探针，然后进行荧光信号的扫描与分析。
Step4：杂交芯片的扫描。杂交后的芯片用特定波长的激光进果剧飞则行激发，此时芯片上的探针会发出不同波长的荧光。用共聚焦激光扫描仪检测探针的荧光强度，可以得到Cy5和Cy3的两幅单色图像。分别对这两幅图像进行伪色彩处理，然后叠加海吧决帮目红措势称为一幅图像，这就是实验所得到的原始数曲但据——杂交图像。图像中样点的荧光强度值间接给出了基因芯片太过商拉办做滑鸡中对应探针的相对丰度值。如果来自测试样本的表达丰度高，那么样点呈红色；如果来自参考细胞样本的号表达丰度高，那么样点呈绿色；如果两者丰度相当，样显万将胶陆点就呈黄色；如果二者没有进行杂交反应，则样点保持背景黑色不变。通过这种方法，取自两个不同样本的基因相对表达水平差异就可以表现出来。
Step5：将基因表达谱数据从杂交图像中提取出来，即将原始杂交图像转化为基因表达谱数据。
