引物添加了酶切位点的，做的时候来自突然想到一个问题，进行pcr扩增之后5端突出的A算一个保护碱基吗？

限座收镇节盐银单道制酶切位点的保护碱基，一般首先要考虑限制酶的特异性，决定添加数目和序列，同时还要便考虑两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量，以优化PCR和后续酶切。是具有一定特异性和功能性的。taq在加A是没有特异性的。所以，从这个角度看，是不能算保护碱基的，而且pfu之类的聚合酶不会加A。

个人见解，仅供参考，祝愉快！