限制性内切酶可分为两大类,即I类酶和II酶。相当一部分酶(如EcoRI、BamHI、Hind等)的切口,作用点有180°旋转对称性,因而可形成粘性末端,但也有一些II类酶如BsuRI、BalI、HalIII、HPaI、SmaI等切割DNA分子并不产生粘性末端,而只形成平整末端。