石墨晶体中的化学键主要与石墨晶体中碳原子的排列方式和成键方式有关。在石墨晶体中,同层的每一个碳原子以sp2杂化轨道与相邻的三个碳原子以σ键结合,六个碳原子在同一个平面上形成了正六边形的环,伸展成片层结构,这里C-C键的键长皆为142pm,这正好属于原子晶体的键长范围,因此对于同一层来说,它是原子晶体。在同一平面的碳原子还各剩下一个p轨道,其中有一个2p电子。这些p轨道又都互相平行,并垂直于碳原子sp2杂化轨道构成的平面,形成了大π键。而这些π电子可以在整个碳原子平面上活动,每个原子分到8/3个价电子。类似金属键的性质,相当于金属中的自由电子,所以石墨能导热和导电。石墨晶体中层与层之间相隔340pm,距离较大,是以范德华力结合起来的,即层与层之间属于分子晶体。