另外一类通用的和多样的物质是由5-异戊烯基碳作为单位合成的次级代谢产物。在负责萜类物质合成的基因簇中，代表基因编码萜环化酶，例如，镰刀菌Fusarium的单端孢霉烯（trichodiene）合酶（Kimura et al.，2007）。对Tv，Ta和Tr三个基因组进行调查发现，Tv的萜环化酶编码基因最多。除了氧角鲨烯-羊毛甾醇环化酶，Tv含有6个萜环化酶，而Ta和Tr 分别含有3个。T.virens的 P 型和Q 型菌株都能大量产生绿胶霉素（viridin），该物质具有抑制真菌和抗癌活性（Howell et al.，1993）。实验表明，绿胶霉素是一组呋喃类固醇（furanosteroid）的混合物，来源于三萜/甾醇，而非二萜（Mukherjee et al.，2012a）。在T.virens中，绿胶霉素被还原成绿毛菌醇（viridiol），该物质具有除草剂活性（Jones et al.，1987）。应用抑制性消减杂交技术和粘粒文库筛选，Mukherjee等（2006）确定了T.virens的一个基因簇，包含编码萜环化酶和细胞色素P450的基因。该基因簇在米曲霉Aspergillus oryzae中存在，但在T.atroviride和T.reesei中都没有。由于这些基因的表达在不产生绿胶霉素的突变体中被抑制，预测该基因簇负责绿胶霉素的生物合成。但是后续的试验证明该基因簇并不参与绿胶霉素的合成，而负责挥发性倍半萜的合成。因此，由哪个萜环化酶负责绿胶霉素的生物合成仍不得而知。
除了萜类化合物，通过固相微萃取和GC-MS，从T.atroviride培养物的顶部空间中发现了其他几个挥发性代谢物。其中一些物质在特定的培养时间产生，而它们的积累会被Fusarium的毒素镰孢菌酸延迟（Stoppacher et al.，2010）。木霉菌素（Trichodermin）是由T.brevicompactum产生的萜类单端孢霉烯（trichothecene）型毒素，该物质具有真菌和植物毒性。单端孢霉烯合酶Tri5的过量表达会使T.brevicompactum过量产生木霉菌素（Tijerino et al.，2011）。
