杆状，末端圆。单个或呈短链排列。1.2～1.5×2.0～4.0微米。能运动。革兰氏阳性。芽孢1.0～1.2×1.5～2.0微米，椭圆形，中生或次端生。液化明胶慢、胨化牛奶、水解淀粉、不还原硝酸。 巨大芽孢杆菌为产孢杆菌，且为革兰氏阳性菌及好氧菌，也为常见的油中腐生菌。
通过比较巨大芽孢杆菌和拮抗菌的芽孢形成率，从而确定了兰花炭疽病拮抗菌B. megaterium1-12菌株产芽孢的最佳培养条件(质量分数):碳源为玉米粉1%、氮源为大豆蛋白胨1%、无机盐为CaCl2·2H2O 0.1%、MnSO40.05%.培养基初始接种量8%、pH值为6、种龄20 h、装量30 mL(250 mL三角瓶)。培养温度30℃，摇床转速200 r/min,发酵时间48 h.优化后芽孢形成率达到95%，最终生物量为1.92×109mL-1。
