单字母缩写氨基酸的英文名称有关。有以下几个原则：①6种氨基酸的首字母在氨基酸中独一无二（CHIMSV），以它们作为缩写。②5种氨基酸名称的首字母不唯一（AGLPT），将它们分配给蛋白质中较常见的那种氨基酸，如leucine比lysine更常见，于是把L作为leucine的缩写。③4种氨基酸的缩写反映了读音：R-Arginine，F-Phenylalanine，Y-tyrosine，W-tryptophan。
